關(guān)于多肽的一個(gè)常見的誤解是多肽像蛋白質(zhì)一樣是不穩(wěn)定的。事實(shí)上，多肽比蛋白質(zhì)穩(wěn)定得多，由于兩個(gè)影響蛋白質(zhì)穩(wěn)定性的要素不存在多肽合成中。這兩個(gè)要素是第三次折疊和蛋白酶的污染。
蛋白質(zhì)很容易變性，由于它的三級(jí)構(gòu)造是由非共價(jià)鍵聯(lián)合的，例如靜電互相作用和疏水互相作用。多肽的長度和蛋白質(zhì)相比是很短；所以大多數(shù)肽沒有足夠量達(dá)到這種互相作用使之出現(xiàn)第三次折疊。故多肽不能像蛋白質(zhì)一樣變性。
多肽只能經(jīng)過共價(jià)修飾或者肽鍵斷裂被毀壞。不像蛋白質(zhì)是從充溢各種蛋白酶的細(xì)胞里被純化，合成的多肽被蛋白酶污染的幾率是很小很小的。固拓生物在試驗(yàn)中發(fā)現(xiàn)在中性pH條件下，大多數(shù)生物實(shí)驗(yàn)的停止速度很慢。中性條件下細(xì)菌污染可能是一個(gè)嚴(yán)重的問題（由于多肽是細(xì)菌的一種良好的營養(yǎng)源）。因次，實(shí)驗(yàn)里用到的溶劑過濾完全比多肽的穩(wěn)定更重要。
在正常條件下，多肽溶液在室溫下能保管幾天，在4度保管幾個(gè)星期和在-20度保管若干個(gè)月或更多；凍干的多肽粉末在室溫下能保管幾個(gè)月，在-80度下保管幾年。
準(zhǔn)確測定多肽濃度比許多人預(yù)期的要復(fù)雜。事實(shí)上，沒有一個(gè)簡單的通用辦法能用。
稱重和紫外線吸收力是兩個(gè)常用的辦法。
a. 稱重。 它只能提供粗略估量的多肽含量。多肽粉末是不容易處置的。要準(zhǔn)確稱量少量（<3毫克）是一個(gè)問題。另一個(gè)問題是，肽能夠含有各種含量的水和即便被大范圍凍干后含有的較少水平的反離子。水的的含量范圍從約5％至20％，有的以至>40％。固拓生物試驗(yàn)中，實(shí)計(jì)含量取決于多肽序列。反離子的類型和數(shù)量取決于用于多肽純化的溶劑和多肽序列。這些水分子產(chǎn)生的不肯定性是不能被疏忽。
b. 紫外線吸收性。假如您的多肽含有一個(gè)酪氨酸或色氨酸殘基，多肽的定量剖析就變得愈加簡單。
色氨酸在282 nm處的摩爾吸光度[1 /（M *厘米）]是5700，酪氨酸在在275 nm處的摩爾吸光度是1400。在0.1N的NaOH中，酪氨酸的-OH基團(tuán)充沛去質(zhì)子化。這就使酪氨酸的吸收峰為293納米。在此條件下，它的摩爾吸光度增加到2400。值得關(guān)注的是，假如肽的側(cè)鏈之間有互相作用，紫外線吸收率能夠不同。
這在小的親水性肽，這不是問題。在水溶液中，這些肽通常采用伸展構(gòu)象，一切的側(cè)鏈?zhǔn)峭暾┞队谌軇┲械?。但關(guān)于長的疏水性多肽，固拓生物試驗(yàn)發(fā)現(xiàn)這種假定是不完整正確的。有時(shí)可察看到低水平聚合和折疊。出于這個(gè)緣由，我們以為，酪氨酸在0.1N NaOH中，在293 nm處的吸光度是最好的，由于在此條件下，肽是完整變性的。它獨(dú)一的缺陷是，用于濃度測定的樣品不能被恢復(fù)。
假如您的肽不含有色氨酸或酪氨酸，精確理解肽的濃度是至關(guān)重要的，獨(dú)一合理的選擇是氨基酸定量剖析。當(dāng)然，這超出大多數(shù)實(shí)驗(yàn)室的日常操作。
基于上面的討論，為了多肽的濃度的準(zhǔn)確測定，我們激烈倡議在你的多肽的N-或C-末端添加一個(gè)酪氨酸殘基。
人們經(jīng)常以為用乙?；王０坊謩e阻斷肽的兩端能增加肽的穩(wěn)定性，實(shí)踐上這是不正確的。
大多數(shù)合成肽的序列都來源于蛋白質(zhì)片段。在一個(gè)蛋白質(zhì)中，多肽序列的N末端和C末端構(gòu)成肽鍵。這不同于合成肽含有不帶電荷的兩端。帶電荷和不帶電荷的多肽的物理化學(xué)性質(zhì)是完整不同的，反過來這些性質(zhì)又影響多肽的功用。經(jīng)過乙?；王０坊謩e封鎖N端和C端，這些問題能夠被處理，并且能夠使合成肽的兩端更像肽鍵。由于這個(gè)緣由，固拓生物用于抗體試驗(yàn)的多肽是末端封鎖的，除非抗原位于蛋白的末端。由于相同的緣由，我們倡議顧客在停止其它功用性研討時(shí)封鎖合成肽的兩端。沒有理論支持有自在端的多肽是不穩(wěn)定的。
當(dāng)試圖將多肽溶解在執(zhí)行多肽生物功用的溶液中時(shí)，溶解度成為關(guān)注的焦點(diǎn)。一切的多肽都能溶解在有機(jī)溶劑中。但是這并沒有多大的協(xié)助，由于大多數(shù)肽的研討不能再有機(jī)溶劑中進(jìn)行。
肽的溶解度最終取決于它的序列。在能夠操作的條件，pH值可能是最重要的。固拓生物發(fā)現(xiàn)，在許多狀況下，改動(dòng)1-3個(gè)pH值單位能夠使十分穩(wěn)定的多肽完整溶解。過渡曲線通常是很峻峭的。在一個(gè)很窄的pH范圍內(nèi)，溶液從混濁變得明澈。這可能是由于某些殘基電離狀態(tài)的改動(dòng)，比方His。
還有另一個(gè)緣由使pH值調(diào)整變得重要。由于用于肽純化的HPLC溶劑含有0.1%的不能經(jīng)過凍干徹底除去的TFA，收到的多肽通常含有少量的TFA。從而使得肽溶液比你預(yù)期的更具有酸性。
關(guān)于難以溶解的肽，你能夠在有機(jī)溶劑中制備更高濃度的原液，例如DMS，并且在生物功用檢測期間稀釋肽。大多數(shù)的檢測能包容1-2%的DSMO，一些以至是5%。但是這并不是總是起作用的。一些肽當(dāng)從DMSO中稀釋時(shí)以至在更低濃度時(shí)匯集和沉淀。
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